Il complesso organismo architettonico si formò tra il XV e il XVIII secolo (quando raggiunse l’attuale estensione planimetrica), in relazione all’ascesa sociale degli Amati, e fu solo parzialmente modificato all’interno fra Otto e Novecento a seguito del declino economico degli stessi e a mutate esigenze funzionali. Il nucleo più antico del palazzo corrisponde alla porzione nord-ovest dell’edificio attuale, sull’angolo fra via Amati e via Panciatichi, sulla quale ancor oggi si trova l’ingresso principale.